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Simona PANNI - Professori Associati

Simona PANNI

Professori Associati

Biologia molecolare (BIOS-08/A)


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Orario Ricevimento

Mercoledì ore 14.30-16.30

O in altri giorni per appuntamento personale via email

Simona Panni is Assistant Professor in Molecular Biology at the Universtity of Calabria since 2006.

I have a Master Degree in Biological Sciences, 110/110 cum laude, University of Rome La Sapienza, and a Postgraduate Diploma in Applied Biotechnology (PhD equivalent) 50/50 cum laude University of Rome, Tor Vergata. Between 1997 and 2004 I have won several scholarships including a two-years Grant from the European Institute of Oncology (IEO), a three-years Grant from the Italian Foundation for Cancer Research (FIRC) and a Telethon award for the study of the specificity of interactions mediated by protein domains. From 2002 to 2005 I was a Fellow in the Molecular Genetics Laboratory, Dept. of Biology, of the University Tor Vergata in Rome. In 2003 I won an ESF grant "Integrated Approaches for Functional Genomics" to work as a visiting researcher at the Charite Institute of the Humboldt-Universitat of Berlin. Since 2017 she has National Scientific Qualification (ASN) for Associate Professor in Molecular Biology.

My research activities focus on molecular interactions, ranging from protein recognition mechanisms to the representation and analysis of biological networks (PPI, RPI, and RRI). In particular, I have studied for several years the mechanisms that enable protein recognition mediated by binding domains. I have collaborated in the development of prediction systems for peptide-protein domain interactions and in the annotation of molecular interactions. I have analysed protein interaction networks, constructed and analysed ncRNA-protein and ncRNA-RNA interaction networks in the yeast S. cerevisiae, as well as microRNA-RNA networks in humans. Presently, I'm collaborating on a project focusing on regulatory networks and cross-talk between transcriptional and post-transcriptional regulation mediated by non-coding RNAs. As part of these research activities, I have been a visiting scientist at the European Bioinformatics Institute (Cambridge, UK) on multiple occasions.

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SIMONA PANNI Ricercatore Confermato presso il Dipartimento di Biologia Ecologia Scienze della Terra (DiBEST, Unical). Dal 2017 abilitato a professore II fascia. La formazione comprende: Diploma di Laurea in Scienze Biologiche 110/110 cum laude Universita’ di Roma “La Sapienza”. Scuola di Specializzazione post-Laurea in Applicazioni Biotecnologiche (50/50 cum laude), Universita’ di Roma “Tor Vergata” (equiparata al dottorato). 1997 –1998: Vincitrice di una Borsa IEO (European Institute of Oncology); 1999 – 2001: Vincitrice di una Borsa Triennale AIRC (Italian Association for Cancer Research) ; 2003: Vincitrice di un Grant ESF “Integrated Approaches for Functional Genomics” 2002-2006 : Titolare di Assegni di Ricerca presso il Dipartimento di Biologia dell’ Universita’ di Roma Tor Vergata. S.P. è autore o coautore di 45 documenti indicizzati da Scopus (h index 21 secondo Scopus) e numerose partecipazioni a congressi. L' attività di ricerca è incentrata sullo studio delle interazioni molecolari alla base della trasduzione del segnale e della regolazione: ha contribuito alla delucidazione dei meccanismi che determinano il riconoscimento tra proteine mediato dai domini di legame, ed alla costruzione ed analisi di network di interazioni PPI, RRI e tra proteine ed RNA. 2018-2022 MC member della COST ACTION CA15205 "Gene Regulation Ensemble Effort for the Knowledge Commons". SP è docente titolare del corso in Biologia Molecolare 2 per il Corso di Laurea in Biologia (precedentemente Biologia Molecolare degli Eucarioti) dal 2006 e del corso di Biologia Molecolare per Corso di Laurea in Scienze e Tecnologie Biologiche dal 2019
Simona Panni Ricercatore Confermato Biologia Molecolare Dipartimento di Biologia Ecologia Scienze della Terra (DiBEST) Università della Calabria Via Pietro Bucci, cubo6C Phone : +39 0984-492920 Email : simona.panni@unical.it Identificativi di ricerca : Scopus Author ID 6506090490 Orchid ID 0000-0002-7500-4028 Formazione Simona Panni si è laureata Scienze Biologiche con 110/110 cum laude presso Università di Roma “La Sapienza” con una tesi in Biologia Molecolare sull’ organizzazione strutturale del genoma eucariotico, svolta presso il Centro di Studio per gli Acidi Nucleici del CNR. Ha conseguito una Specializzazione in Applicazioni Biotecnologiche (equiparata con il Dottorato di Ricerca) presso l’ Università di Roma Tor Vergata, con una votazione finale di 50/50 cum laude ed una tesi sulla caratterizzazione di domini SH3 ottenuta costruendo librerie di proteine esposte sulla superficie capsidica di batteriofagi (Phage Display). Nel 2011 ha conseguito l‘ abilitazione alla professione di Biologo Nel 2017 ha ottenuto L‘ Abilitazione Scientifica Nazionale (ASN) come professore di seconda fascia in Biologia Molecolare Carriera Accademica Tra il 1997 ed il 2004 S.P. ha vinto diverse borse di studio incluse una borsa biennale dell’ Istituto Europeo di Oncologia (IEO), una borsa triennale della La Fondazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (FIRC) ed un premio Telethon per lo studio della specificità di interazione mediato da domini proteici. Dal 2002 al 2005 è stata titolare di assegni di ricerca presso il Dipartimento di Biologia dell’ Università di Roma Tor Vergata. Nel 2003 ha vinto un grant ESF “Integrated Approaches for Functional Genomics” per lavorare come visiting researcher presso l’ Istituto Charite, della Humboldt-Universitat di Berlino dove ha avuto modo di apprendere tecniche avanzate per la sintesi di peptidi su carta (spot synthesis). Dal 2006 è ricercatore in Biologia Molecolare presso il Dipartimento diBEST dell‘ Università della Calabria. Attività di Ricerca S.P è coautore di 45 documenti indicizzati da Scopus ed elencati nei seguenti siti: https://scholar.google.com/citations?hl=it&user=hOGzkN0AAAAJ https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6506090490 https://orcid.org/0000-0002-7500-4028 Ha partecipato come oratore in numerosi congressi nazionali ed internazionali, di seguito elencati alcuni recenti: Panni S. HUPO-PSI Meeting 11-13 May 2022 "NcRNAs in IntAct: the RNA entries" HUPO-PSI Meeting 11-13 May 2022 EMBL-EBI, Hinxton, Cambridge, UK. Panni S. HUPO-PSI Meeting “The annotation of miRNAs in IntAct: Growth Failure in Early Childhood as a case study” March 22-26 2021 (virtual meeting) Panni S. “ncRNAs in IntAct: state of the art and perspectives” HUPO-PSI Meeting March 23-26 2020 San Diego (virtual meeting) Panni S. “Noncoding RNA regulatory networks: miRNAs and beyond“ Workshop “The role of text mining in curation workflows“ Malaga 21-22 Feb 2019 Panni S, Bateman A. Duesbury M, Perfetto L, Porras P, Orchard S and the IMEx Consortium “Building non-coding RNA networks in IntAct: from yeast to human” 12th International Biocuration Conference University of Cambridge, Cambridge, UK from April 7-10, 2019. Panni S, Duesbury M, Perfetto L, Porras P, Orchard S and the IMEx Consortium “Building non-coding RNA networks in IntAct: from yeast to human” SIBBM 2018 Frontiers in Molecular Biology Rome, Italy, 20-22 June 2018 (Flash presentation) Panni S. “Human ncRNA interactions: how to annotate them” HUPO-PSI Meeting April 18-20 2018 EMBL Heidelberg, Germany Panni S. “ncRNAs interactions: a case study” Curation workshop on molecular and causal interactions. Rome, December 5-7 2017 Panni S, Prakash A. Bateman A, Orchard S “Yeast ncRNAs interactions: a case study” HUPO-PSI Spring Meeting, Ghent, Belgio. dal 18-20 April 2016 Panni S. The Phosphatase DUSP26 as a potential target to inhibit cell proliferation Bologna Peptides 14-16 February 2016 Membro della Scientific Organizing Committee “Gene Regulation Ensemble Effort for the Knowledge Commons (GREEKC)” Workshop Rende, 18-19 February 2020 Ha svolto attività di peer-reviewer per diverse riviste incluse Database, Proteomics, FEBS letters, Plos One, Briefing in Bioinformatics ed altre e ha svolto attività di peer-reviewer per progetti nazionali ed internazionali Nel 2015 ha vinto un contributo per la mobilità dicercatori DR 2037 del 21/12/2015 Nel 2015, 2016 e 2017: Visiting Researcher presso l‘ istituto di Bioinformatica EBI, Hinxton (Cambridge, UK) 2018-2022 membro per l’ Italia della Management Committee per l’ Azione COST CA15205 Membro della Società italiana di Biofisica e Biologia Molecolare Membro della International Society for Biocuration Trasferimento Tecnologico Co-founder della startup innovativa KazaamLab srl, divenuta anche spin-off presso l’ Università di Palermo. La startup ha ricevuto numerosi premi incluso il primo premio GET IT 2021 e il secondo posto nella Starcup Palermo 2019. Brevetto per invenzione industriale n 102020000032753 depositato il 30-12-2020 e concesso il 1-02-2023 Attività Didattica Dal 2011 professore titolare del corso Biologia Molecolare II (6CFU) per il corso di Laurea Triennale in Biologia Dal 2019 professore titolare del corso Biologia Molecolare (6CFU) per il corso di Laurea Triennale in STB 2006-2010 professore titolare del corso Biologia Molecolare Eucariotica (5CFU) per il corso di Laurea Triennale in Scienze Biologiche 2007-2009 professore del corso Laboratorio di Biologia Molecolare e Biochimica (3CFU) per il corso di Laurea Triennale in Scienze Biologiche Nel 2006 professore titolare del corso di Genomica (3CFU) per il corso di Laurea Specialistica in Scienze Biologiche Nel 2005 professore a contratto del corso di Applicazioni della Bioinformatica (5 CFU) presso l’ Unical 2008 -2011 lezioni monografiche su “PPI networks” presso l’ Università di Pisa Dal 2006 è relatore per numerose tesi di laurea triennale e magistrale e tutor per tirocini Nel 2019 ha vinto un contributo per un progetto di didattica innovativa DR 1899 del 4/12/2018 Incarichi Istituzionali 2019-2022 Delegato Dipartimentale all’ Internazionalizzazione 2019-2022 Componente della Commissione per la Qualità del Dipartimento 2008-2022 Delegato all’ Internazionalizzazione per i CdS di Biologia e di Biotecnologie Dal 2018 Valutatore esperto esterno dell’Organismo Preposto al Benessere Animale (OBPA) Dal 2013 Membro del Collegio dei Docenti del Dottorato in Scienze della Vita 2008 -2011 Membro del Collegio dei Docenti del Dottorato in Ricerca Operativa della scuola di dottorato ISIMR 2006 -2008 Membro del Collegio dei Docenti del Dottorato in Biopatologia Molecolare 2014: Revisore esterno nel Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare del XXVII ciclo Dip. Di Biologia Università di Roma Tor Vergata. 2008: Membro della commissione di valutazione dell’ esame finale del Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare del XX ciclo Dip. Di Biologia Università di Roma Tor Vergata. Finanziamenti 2019-2021: Partecipante al Programma di Ricerca PRIN “Membrane transporters, the doors of cellular metabolism. Investigation of biochemical features structure/function relationships, metabolic regulation and physio-pathological aspects by in vitro and in vivo experimental models.” Coordinatore prof. Cesare Indiveri 2018-2020: Cost Action GREEKC : “Gene Regulation Ensemble Effort for the Knowledge Commons” Coordinatore Prof.Martin Kuiper 2018: Ammessa al Finanziamento MIUR per attività di ricerca di base 2017-2020 Partecipante al Programma di Ricerca PRIN Tumor-targeting peptidomimetics: synthesis and bio-medical applications. Coordinatore prof Gennari 2013-2016 Partecipante al Programma di Ricerca PRIN “Sintesi e applicazioni biomediche di peptidomimetici in campo oncologico”. Coordinatore prof Gennari Negli anni 1998-2008 sotto la supervisione scientifica del prof. Cesareni ha partecipato alle ricerche finanziate da numerosi progetti nazionali ed internazionali -Partecipa ad un progetto triennale (1998-2001) finanziato dal Programma Nazionale per la Ricerca sull'AIDS -Partecipa al Progetto di Ricerca di interesse Nazionale (PRIN) “Analisi di Fosfoproteomi” 2001-2003 Coordinatore nazionale prof. Lorenzo Pinna (Università di Padova) -Partecipa al Progetto di Ricerca di interesse Nazionale (PRIN) 2003-2005 “Fosforilazione reversibile delle proteine: un approccio proteomico integrato”. Coordinatore nazionale prof. Lorenzo Pinna (Università di Padova) – -Partecipa al progetto europeo Functional Proteomics: Towards defining the Interaction Proteome Coordinatore Prof. F.-Ulrich Hartl (Max Planck Institut fuer Biochemie) -Partecipa al progetto AIRC 2004-2006 " An integrated approach for the assembly of protein networks and the discovery of functional pathways" . -Partecipa al progetto AIRC 2006-2008 “An integrated approach for the assembly of protein networks and the discovery of functional pathways, II”
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